রাজ্যে বিশ্ববিদ্যালয়গুলোর উপাচার্য নিয়োগ নিয়ে রাজ্যপাল সরকারকে এড়িয়ে মধ্যপন্থা অবলম্বন নিয়েছেন বলে অভিযোগ করেছেন শিক্ষামন্ত্রী ব্রাত্য বসু। তাঁর অভিযোগ রাজ্যপালের ডাকা বৈঠকে তাঁদেরই অস্থায়ী উপাচার্য নিয়োগ করা হয়েছে যারা রাজ্যপাল সিভি আনন্দ বোসের নির্দেশমত বিশ্ববিদ্যালয়ের কাজকর্ম নিয়ে অন্তর্বর্তী রিপোর্ট পেশ করেছিলেন।
রাজ্যপালের বিরুদ্ধে দ্বিচারিতার অভিযোগ এনে আইনি ব্যবস্থা নেওয়ার হুমকিও দিয়েছেন শিক্ষামন্ত্রী ব্রাত্য বসু। এর আগে ব্রাত্য বসু অভিযোগ করেছিলেন রাজ্যের বেশ কয়েকটি বিশ্ববিদ্যালয়ের অধ্যাপকদের ডেকে সরাসরি উপাচার্য হওয়ার প্রস্তাব দিয়েছেন রাজ্যপাল। তাঁর বক্তব্য সম্প্রতি সরকারকে এড়িয়ে কয়েকটি বিশ্ববিদ্যালয়ের বাছাই করা অধ্যাপকদের ডেকে পাঠান রাজ্যপাল সিভি আনন্দ বোস। সেখানেই তাঁদের বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্য হওয়ার প্রস্তাব দেওয়া হয়। এবং তারপর সেইসমত নির্দেশিকাও জারি করা হয়েছে বলে অভিযোগ করেছেন শিক্ষামন্ত্রী ব্রাত্য বসু।